На баскских автономных выборах 1994 года Отеги был седьмым в списке Эрри Батасуна (НВ) в Гипускоа, но эта партия набрала избирательных голосов только на шесть депутатов. Тем не менее, через год он все же стал депутатом баскского парламента, заняв место осужденной за сотрудничество с ЕТА товарища по партии Бегоньи Аррондо. Получив депутатский мандат, Отеги возложил на свое место в зале заседаний пять гвоздик в память о годовщине расстрела двух членов ЕТА и трех членов FRAP (Frente Revolucionario Antifascista y Patriótico)  и покинул здание парламента.

В 1997 году вся верхушка НВ была осуждена на семь лет тюрьмы за распространение пропагандистского видеоролика с ЕТА в ходе предвыборной кампании. На Отеги арест не распространялся, в результате чего он оказался на лидирующих позициях в своей партии. На выборах 1998 года НВ получила 14 мест в парламенте Страны Басков. 18 мая 1999 года Отеги подписал пакт о трехпартийном правительстве с PNV и EA, который был расторгнут 22 февраля 2000 года после убийства лидера баскских социалистов Фернандо Буеса. 10 днями раньше Отеги был переизбран пресс-секретарем НВ. На выборах 2001 года НВ потеряла половину своих депутатов, что привело к переорганизации партии и рождению новой Батасуны, в которой Отеги сохранил лидирующее положение.

В марте 2004 года он был приговорен к пятнадцати месяцам тюремного заключения за призывы к терроризму при поминовении члена ЕТА Олайи Кастресана, погибшей во время приготовления взрывного устройства. В то же время на него было открыто другое уголовное дело: за оскорбление короля Хуана Карлоса. В 2003 году Отеги во время пресс-конференции, в ходе которой он давал оценку визиту короля Испании в Страну Басков, фактически назвал Хуана Карлоса главой палачей, сказав: «Он - главнокомандующий испанской армии, то есть является ответственным за палачей, покрывает их и навязывает свой монархический режим нашему народу через пытки и насилие». За эти слова в ноябре 2005 года Отеги был приговорен Верховным судом Испании к одному году и трем месяцам тюремного заключения. Тем не менее, отбывать этот срок ему не пришлось.

В июне прошлого года Отеги был вызван в суд для дачи показаний, и судья отправил лидера Батасуны в следственный изолятор. Отеги тогда спросил, знает ли об этом решении генеральный прокурор Испании - по неясным причинам генпрокурор страны покровительствует Отеги. Решением судьи лидер Батасуны мог обрести свободу под залог в 400.000 евро. И обрел - уже на следующее утро указанная судьей сумма была внесена кем-то на соответствующий счет.