Франко с неприязнью отнесся к республике, но соблюдал воинскую дисциплину и продолжал выполнять указы военного руководства страны. В 1933 году изменилась политическая ситуация в стране с победой на выборах правых сил. Франко был назначен военным советником правительства. Жестокое подавление революционного движение в Астуриас в 1934 году во многом является заслугой Франко, за что он был назначен командующим испанских войск в Марокко. Через год он стал начальником Генштаба Вооруженных Сил Испании.

Победа Народного фронта на выборах в февраля 1936 году вновь изменила политическую обстановку в стране. Перед угрозой заговора военных недовольные генералы были распределены по разным местам. Франко попал на Канарские острова. 17 июля в Мелилье вспыхнуло восстание военных против Республики. 19 июля Франко был уже на севере Африки, где возглавил силы мятежников. Гибель генерала Санхурхо в авиакатастрофе выдвинула Франко в лидеры восстания. Пользуясь поддержкой Гитлера и Муссолини, 29 сентября 1936 года он был объявлен генералиссимусом восставших сил, а 1 октября того же года – главой государства.

1 апреля 1939 года победой восставших закончилась Гражданская война. Началась диктатура. Во время Второй мировой войны Франко удалось ограничить активное участие в ней Испании отправкой на советский фронт лишь одной добровольческой дивизии («Голубая дивизия»). В 1947 году всенародный референдум утвердил Франко пожизненно на посту главы государства. Его власть была неограниченной. Ни один закон не мог быть принят в стране без одобрения каудильо. Восстановление монархии в стране тоже было предопределено исключительно волей Франко, имевшего монархические взгляды.